初期化したSnow LeopardにRをインストール

R
  1. まずはOSのsoftware update。Mac OS X統合アップデートとAirMacユーティリティのみアップデート。
  2. cran http://www.r-project.org/ からRをダウンロードしてインストール。
  3. Xcode3.2.1をインストール。
  4. Mac Portsをインストール。
  5. biOpsに必要なライブラリをインストール。

$ sudo port install fftw-3 tiff jpeg

  1. インストールしたライブラリにシンボリックリンクを張る。

$ cd /usr/include
$ sudo ln -s /opt/local/include/fftw3.h
$ for x in /opt/local/include/j*.h; do sudo ln -s $x; done
$ for x in /opt/local/include/tiff*.h; do sudo ln -s $x; done
$ cd /usr/lib
$ for x in /opt/local/lib/libfftw3.*; do sudo ln -s $x; done
$ for x in /opt/local/lib/libjpeg.*; do sudo ln -s $x; done
$ for x in /opt/local/lib/libtiff.*; do sudo ln -s $x; done

  1. RからbiOpsをインストール。

$ sudo R
> install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/", type="source")

  1. ImageMagickをインストール。

$ sudo port install ImageMagick

  1. gtk2をインストール

$ sudo port install gtk2

  1. EBImageをインストール

$ sudo curl -O "http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/src/contrib/EBImage_3.11.0.tar.gz"
$ sudo R CMD INSTALL EBImage_3.11.0.tar.gz

この方法だと、gtk-demoとした時やlibrary(EBImage)としたときにXlib: extension "RANDR" missing on display "/tmp/launch-EV8OQF/org.x:0".
というエラーがでる。無視しても動作には問題がないが、気に入らない場合はXQuartzをhttp://xquartz.macosforge.org/trac/wikiからインストールして、XQuartzからxtermを起動してRを使うとよい。

なお、以上の方法でSnow LeopardにRとbiOpsとEBImageをインストールすると自動的に64bitのアーキテクチャにインストールされる。32bitにはインストールされない。