Rをインストールし直し

古いMacBookLeopardをインストールしなおす。

  1. インストールディスクを入れて起動。
  2. 古いOSはアーカイブするオプションを選ぶ。
  3. インストーラーの指示に従ってインストールを完了。
  4. ログインしたらソフトウェアアップデートでMac OS統合アップデートを入れる。

Rをインストール

  1. 最新バージョンのバイナリパッケージをcranからダウンロード。
  2. インストーラの指示に従ってインストールを完了。

XCodeをインストール

  1. Apple Developerに登録。
  2. https://developer.apple.com/downloads/index.action からXcode3.14をダウンロード。約1GB。
  3. インストーラーに従ってインストール。

MacPortsをインストール

  1. http://www.macports.org/install.php からLeopard用をダウンロードしてインストール。
  2. ターミナルを起動してviで~/.bash_profileを以下のように作成。

if [ -f ~/.bashrc ] ; then
. ~/.bashrc
fi

  1. 同様に.bashrcを以下のように作成。PATHを通しておかないとportコマンドが見つからないのエラーが出る。

export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:${PATH}

  1. portをアップデート

sudo port selfupdate
sudo port upgrade outdated

biOpsをインストール

  1. 依存ライブラリをportからインストール。

sudo port install fftw-3 tiff jpeg

  1. シンボリックリンクを張る。参照したのはこちら。http://meme.biology.tohoku.ac.jp/students/iwasaki/biOps

% cd /usr/include
% sudo ln -s /opt/local/include/fftw3.h
% for x in /opt/local/include/j*.h; do sudo ln -s $x; done
% for x in /opt/local/include/tiff*.h; do sudo ln -s $x; done
% cd /usr/lib
% for x in /opt/local/lib/libfftw3.*; do sudo ln -s $x; done
% for x in /opt/local/lib/libjpeg.*; do sudo ln -s $x; done
% for x in /opt/local/lib/libtiff.*; do sudo ln -s $x; done

  1. Rでsourceからインストール。

install.packages("biOps"
, repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/"
, lib=.Library
, type="source"
)

EBImageをインストール
http://d.hatena.ne.jp/Moment5/20111104 にしたがう。32bitならGUIからもOK。しかし以上の方法だと64ビットでは動かない。port install +universalにすればいいのかな?

64bitでのセットアップ
上の状態で、

sudo R --arch x86_64
> install.packages("biOps", repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp", lib=.Library, type="source")

とするとエラー終了する。

Error: libjpeg or libtiff required

sudo port install fftw-3 +universal
sudo port install tiff jpeg +universal

まだだめ。同じエラー。