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以前から使っていたバージョンでnetpbmのtifftopnmがうまく動かなかったので，cygwinを最新の1.5.24-2にバージョンアップを試みたところ，どうしたわけかcygwin起動時に次のようなエラーが表示されるようになってしまった．reinstallしても同じ結果．
bash: $'\r': command not found
が連続する。
/etc/profile
の何かがおかしい？
２年がかりでいろいろ調べたところ、どうやら/etc/profileの改行コードが間違っているらしいことがわかった。何かの拍子にDOSのエディタで開いてしまったのか？
http://fvue.nl/wiki/Bash_and_Windows#Bash:_.24.27.5Cr.27:_command_not_found
解決方法：
http://www.rsch.tuis.ac.jp/~ohmi/literacy/emacs/emacs-jcode.htmlを参考に、
emacsで/etc/profileを開き、
Esc + x set-buffer-file-coding-system
