RとEBImageをMac上でメンテナンス

R

まず、久々にMacを起動。OSのSoftware Updateをしようとすると異常終了。
あきらめて、RをCRANからダウンロード。Rのバージョンは2.13.0。インストールは無事に完了。Rを起動するとちゃんと2.13.0になっている。
EBImageはabindパッケージを必要とするはずだから、これをインストール。

> install.packages("abind")

ミラーサイトを聞かれるので、適当に選んでインストール続行。無事にインストールされた模様。
あとは、XcodeとMacPortsとImageMagickとGTKが必要なはず。
Xcodeは3.2.4が入っている。MacPortsは1.8.2。

$ port
MacPorts 1.8.2

次にImageMagickのインストール。

$ sudo port install ImageMagick
Password:

うまく行ったのか？とりあえずGTKも。

$ sudo port install gtk2

      • > Computing dependencies for gtk2
      • > Cleaning gtk2

まぁよしとしよう。次はEBImageのソースファイルを入手。ダウンロードにはcurlを使う。

$ curl -O "http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/src/contrib/EBImage_3.9.1.tar.gz"
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 4644k 100 4644k 0 0 188k 0 0:00:24 0:00:24 --:--:-- 198k

いよいよインストール。

$ R CMD INSTALL EBImage_3.9.1.tar.gz

とすると、

All text must be in a section

のエラーが続出し、インストールに失敗する。ちなみに、abindパッケージをソースからインストールしようとしても同じエラーが出るので、EBImage特有のエラーというよりは、自分の環境の問題のよう。
http://www.scribd.com/doc/54431670/34/Fix-the-Documentation-Files
このページをみるとドキュメントのファイルを修正すればいいようだが、面倒くさい。。。もっと根本的な直し方はないものか。