様々なプラットフォームでプログラムのテストをしたい。このようなとき、OracleのVirtualBox(以下VB)は本当にありがたい。ここでは、Windows 7 32 bit上にUbuntu 10 64 bitをインストールしてみる。
まずはUbuntuのサイトからUbuntu 10.04 LTS 64 bitをデスクトップにダウンロード。
http://www.ubuntu.com/download/ubuntu/download
空のCDまたはDVDをドライブにいれ、ダウンロードしたファイルを右クリック。Burn disc imageというのを選択してファイルを焼く。
次にWindowsにVBをダウンロードし、インストールする。
http://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
Extension Packもダウンロードしてインストールしておく。
VBを起動。Newを選んで、インストールしたいOSの名前を付ける。例えばUbuntu64bitなど。画面の指示に従い、Ubuntuのディスクをドライブに入れて選択。あとはUbuntuのインストーラー通りに進めれば完了。
非常に簡単。
念のため、Ubuntuを起動した後にTerminalから

> sudo apt-get update
> sudo apt-get upgrade

をしておく。

2011-05-10

Windowsでソースからパッケージインストール

環境はWindows 7の32 bit、Rは2.13.0。
http://www.innosetup.com
からInno Setupをダウンロードしてインストール。バージョンは5.4.2。
http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/index.html
からRtools213.exeをダウンロードして実行。Pathを編集するところにチェックを入れる。無事に完了した模様。
しかしその先が分からん。。。
WindowsのコマンドラインでRとしてもコマンドが見つからないと言われる。pathを設定すればいいだけかな？その通りだった。R2.13.0のパスを環境設定で指定するとRのコマンドは認識された。

$ R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz

magick/ImageMagick.hが見つからないと言われて中断。パスにImageMagickの下のinclude/magickまで入れる。でもやっぱりだめ。おかしいなぁ、このフォルダの中にImageMagick.hあるのに。

2011-05-08

KubuntuにRをインストール

WindowsをホストにしてVirtualBoxで走らせているKubuntuにRをインストールする。参考にしたのはここ http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu/
Shellを起動して

> sudo apt-get update
> sudo apt-get install r-base

でインストールされる。

> R

としてみると、バージョンは2.10.1がインストールされた模様。

> q()

で終了。
パッケージもソースからインストールしたいので

> sudo apt-get install r-base-dev

とすると、どうもすでにインストールされていたっぽいメッセージが出る。
つぎにEBImageをインストールしたい。

> sudo wget http://bioconductor.org/packages/2.9/bioc/src/contrib/EBImage_3.9.2.tar.gz

でもEBImageをインストールする前にimagemagickとgtkとpkg-configをインストールしておかねば。

> sudo apt-get install imagemagick

すでにインストールされたいた模様。gtkを探す。

> sudo aptitude search gtk

ずらずらとたくさん出てくる。どれを入れればよいか分からないので、とりあえず

> sudo apt-get install gtk2-engines
> sudo apt-get install gtk2.0-examples

としてみた。

> gtk-demo

動いたっぽい。しかし

> sudo apt-get install pkg-config
> pkg-config gtk+-2.0 --libs

とするとエラーがでる。gtk+-2.0は見つからないとかなんとか。

> sudo apt-get install libgtk2.0-dev

としてみる。今度は結構インストールに時間がかかる。

> pkg-config gtk+-2.0 --libs

今度はエラーがでない。結局gtk2-enginesとgtk2.0-examplesが必要だったのかどうか不明。
次に

> Magick-config

とすると、libmagickcore-devかgraphicsmagick-libmagick-dev-compatにMagick-configが見つかりましたというようなメッセージが出る。

> sudo apt-get install libmagickcore-dev

として再び

> Magick-config

とすると今度はＯＫのよう。

> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz

とするとwand/magick-wand.hが見つからないと言うエラーが出てインストールが中断される。ImageMagickのバージョンは6.5.7 Q16と表示されている。しかたがないので、

> sudo apt-get installgraphicsmagick-libmagick-dev-compat

として、再び

> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz

としてみると、ImageMagick1.3.5が見つかりました、6.3.7以上が必要ですというエラー。
http://bioconductor.org/packages/2.9/bioc/vignettes/EBImage/inst/doc/EBImage-installation.pdf
をよくよんだらUbuntu9ではMagickWandがImageMagickのコアに含まれていないとのこと。なんだ。

> sudo aptitude search magickwand
> sudo apt-get install libmagickwand-dev

今度こそ。。。

> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz

とおもったら、abindがないと怒られた。もうソースからインストールするのも面倒なので

> install.packages("abind")
> library(abind)
> q()

これでうまくいかなかったら怒るよ。と思ったら

> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz

ようやく完成。

2011-05-04

OSのアップデート

Mac

Software Updateが失敗するので、手動でアップデートすることにする。
まずは
http://support.apple.com/kb/DL1349
ここで10.6.6に上げる。