KubuntuにRをインストール
WindowsをホストにしてVirtualBoxで走らせているKubuntuにRをインストールする。参考にしたのはここ http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu/
Shellを起動して
> sudo apt-get update
> sudo apt-get install r-base
でインストールされる。
> R
としてみると、バージョンは2.10.1がインストールされた模様。
> q()
で終了。
パッケージもソースからインストールしたいので
> sudo apt-get install r-base-dev
とすると、どうもすでにインストールされていたっぽいメッセージが出る。
つぎにEBImageをインストールしたい。
> sudo wget http://bioconductor.org/packages/2.9/bioc/src/contrib/EBImage_3.9.2.tar.gz
でもEBImageをインストールする前にimagemagickとgtkとpkg-configをインストールしておかねば。
> sudo apt-get install imagemagick
すでにインストールされたいた模様。gtkを探す。
ずらずらとたくさん出てくる。どれを入れればよいか分からないので、とりあえず
> sudo apt-get install gtk2-engines
> sudo apt-get install gtk2.0-examples
としてみた。
> gtk-demo
動いたっぽい。しかし
> sudo apt-get install pkg-config
> pkg-config gtk+-2.0 --libs
とするとエラーがでる。gtk+-2.0は見つからないとかなんとか。
> sudo apt-get install libgtk2.0-dev
としてみる。今度は結構インストールに時間がかかる。
> pkg-config gtk+-2.0 --libs
今度はエラーがでない。結局gtk2-enginesとgtk2.0-examplesが必要だったのかどうか不明。
次に
> Magick-config
とすると、libmagickcore-devかgraphicsmagick-libmagick-dev-compatにMagick-configが見つかりましたというようなメッセージが出る。
> sudo apt-get install libmagickcore-dev
として再び
> Magick-config
とすると今度はＯＫのよう。
> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz
とするとwand/magick-wand.hが見つからないと言うエラーが出てインストールが中断される。ImageMagickのバージョンは6.5.7 Q16と表示されている。しかたがないので、
> sudo apt-get installgraphicsmagick-libmagick-dev-compat
として、再び
> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz
としてみると、ImageMagick1.3.5が見つかりました、6.3.7以上が必要ですというエラー。
http://bioconductor.org/packages/2.9/bioc/vignettes/EBImage/inst/doc/EBImage-installation.pdf
をよくよんだらUbuntu9ではMagickWandがImageMagickのコアに含まれていないとのこと。なんだ。
> sudo aptitude search magickwand
> sudo apt-get install libmagickwand-dev
今度こそ。。。
> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz
とおもったら、abindがないと怒られた。もうソースからインストールするのも面倒なので
> install.packages("abind")
> library(abind)
> q()
これでうまくいかなかったら怒るよ。と思ったら
> sudo R CMD INSTALL EBImage_3.9.2.tar.gz
ようやく完成。
